панель "Всегда сверху"

А если максимизировать окно, то оно тоже под панель уходит? Так же попробуйте перенести на верх панель задач и посмотреть как приложения себя ведут. Некоторые приложения могут иметь проблемы с позиционированием, если наверху какая нибудь панель, в том числе и ТЛБ. Как вариант снять "Всегда сверху", тогда хоть можно будет до окна добраться.